Wielu ludziom fauna kojarzy się głównie z kręgowcami (Vertebrata). Liczba tych zwierząt nie jest w Tatrach zbyt imponująca i obejmuje około 170 gatunków, podczas gdy na dużo mniejszej Babiej Górze stwierdzono ich 188. W tej liczbie jest około 50 gatunków ssaków (Mammalia), w tym nie spotykane nigdzie w Polsce poza Tatrami. Najbardziej charakterystycznymi zwierzętami tatrzańskimi są świstak (Marmota marmota) i kozica (Rupicapra rupicapra). Długotrwała izolacja tatrzańskich populacji tych dwóch gatunków od ich kuzynów z innych gór Europy i świata doprowadziła do powstania endemicznych podgatunków. Tatry są więc jedynym na świecie miejscem ich występowania. Trzecim gatunkiem ssaka, którego tatrzańska ostoja jest jedyną w Polsce, jest wysokogórski gryzoń, nornik śnieżny (Chionomys nivalis). Do niedawna uważano, że również darniówka tatrzańska (Microtus tatricus) jest endemitem tatrzańskim, czyli gatunkiem żyjącym wyłącznie w Tatrach. Później odkryto ją jednak również na Pilsku i Babiej Górze, a następnie w Karpatach Wschodnich. W tatrzańskich lasach występuje fauna podobna do występującej w całych Karpatach. Z dużych zwierząt najliczniejsze są jelenie (Cervus elaphus), które w lecie spotkać można także na wysokogórskich halach i w piętrze kosodrzewiny. Ich liczebność utrzymuje się od szeregu lat na poziomie 200-300 osobników. Kolejnym gatunkiem leśnych roślinożerców spotykanych w Tatrach są sarny (Capreolus capreolus). Jest ich nieco mniej niż jeleni, ale ponieważ żyją w rozproszeniu na całym obszarze regli, często można je obserwować. Bardzo rzadko widywane są natomiast w Tatrach dziki (Sus scrofa), dla których tutejsze śnieżne zimy są zbyt srogie. Jeszcze rzadziej, bo raz na kilkadziesiąt lat, pojawia się tu łoś (Alces alces). Z drobniejszej zwierzyny wspomnieć też trzeba o zającach (Lepus europaeus), są nieco mniej liczne niż dawniej, ale nadal można je obserwować w piętrze regli, a czasem także ponad górną granicą lasu.

W ślad za roślinożercami podążają drapieżniki. Niezbyt liczne wilki (Canis lupus) i rysie (Lynx lynx) polują głównie na jelenie i sarny, ale czasem zdarza się im napaść na wypasane na tatrzańskich polanach owce. Rysie są jednocześnie najważniejszym naturalnym wrogiem kozic. Mniejszy z kotowatych drapieżników, czyli żbik (Felis silvestris), nie był po polskiej stronie Tatr obserwowany od czterdziestu lat. Znacznie liczniejsze są lisy (Vulpes vulpes), które polują głównie na drobne gryzonie, ale nie gardzą także pokarmem roślinnym i odpadkami pozostawianymi przez ludzi.  Skłonność do „łatwego chleba” mają także niedźwiedzie (Ursus arctos). Przy odrobinie szczęścia w Tatrach zaobserwować można mniejsze ssaki drapieżne z rodziny łasicowatych (Mustelidae). Najliczniejsze są chyba łasice (Mustela nivalis) i gronostaje (Mustela erminea). Te małe i zwinne drapieżniki, w lecie i w zimie niestrudzenie przemierzają Tatry aż po ich najwyższe szczyty, w pogoni za drobnymi gryzoniami. Wydry (Lutra lutra) są raczej nieliczne, a spotkać je można głównie w pobliżu większych potoków. Kuna leśna, czyli tumak (Martes martes), zręcznie wspina się po drzewach i chętnie poluje na wiewiórki (Sciurus vulgaris), które w Tatrach występują głównie w ciemnej odmianie barwnej.

Drapieżny tryb życia wiodą także nietoperze (Chiroptera), których występuje tu 17 gatunków, z czego 13 spotyka się w jaskiniach. Największy wśród tatrzańskich nietoperzy jest nocek duży (Myotis myotis), a najmniejszy, najliczniejszy i najwyżej zalatujący jest nocek wąsatek (Myotis mystacinus). Nietoperze najłatwiej jest zaobserwować o zmierzchu, gdy łowią ćmy i inne owady. W ciągu dnia chronią się w licznych tatrzańskich jaskiniach lub w dziuplach. Korzystają także z budek lęgowych rozwieszanych dla ptaków. Owadami żywią się również najmniejsze tatrzańskie ssaki, czyli ryjówki (Soricidae). Są one bardzo liczne, zwłaszcza ryjówka aksamitna (Sorex araneus) spotykana od podnóża Tatr po strefę turni. Najmniejsza z tatrzańskich ryjówek, ryjówka malutka (Sorex minutus), jest jednocześnie najmniejszym ssakiem w Polsce.